Sur les 46 Parcs, on peut trouver :

- des espèces emblématiques (l’Ibis rouge, la Loutre d’Europe, le Grand Tétras, le Phoque-veau marin, le Faucon pèlerin, le Mouflon de Corse, la Chouette chevêche, la Grue cendrée, le Loup, le Butor étoilé, la Tortue luth, le Vautour fauve, le Lynx, le Flamant rose… des Orchidées, des papillons remarquables, …

- une grande variété d'habitats naturels
De la forêt, des landes, des cultures, des habitats herbacés, des habitats marins, des eaux douces et marécages.

- des réserves naturelles nationales, domaniales et régionales.

- 12 % des Parcs sont composés de sites Natura 2000 (reconnus pour l’intérêt européen des leurs espèces et habitats naturels – Directives « habitat » et « oiseaux »).
Le site officiel "Le réseau écologique européen Natura 2000"

- 10 Parcs composés de grandes zones humides (les Parcs comptent 3 fois le pourcentage national de zones humides)
Voir le site du pôle relais zones humides

- 9 des 22 sites Ramsar français (reconnus internationalement pour l’intérêt de leurs zones humides - convention de Ramsar).
Site officiel de la convenstion de Ramsar sur les zones humides

Les Parcs naturels régionaux sont des territoires reconnus pour la richesse de leur patrimoine naturel et culturel, la diversité et richesse de leur patrimoine bâti, la grande variété de leurs terroirs, la beauté de leurs paysages (qui pour certains sont reconnus internationalement).

On peut trouver de nombreux sites classés, sites inscrits sur les territoires des Parcs. Deux sites français inscrits au Patrimoine Mondial de l’Unesco se trouvent sur les territoires de Parcs : la réserve naturelle de Scandola en Corse, Les bords de la Loire sur le Parc Loire-Anjou-Touraine.